Nació en Sevilla el 17 de febrero de 1836. Por el lado paterno, descendía de una noble familia de origen flamenco que se estableció en la capital andaluza en el siglo XVI. Tanto su padre como su hermano Valeriano fueron reconocidos pintores sevillanos. Bécquer además de dominar el arte de escribir también dibujaba muy bien.

A los 9 años se quedó huérfano de padre primero y madre después. Fue entonces cuando lo adoptaron sus tíos Maria Bastida y Juan de Vargas. Pero al poco tiempo, tras salir del colegio en el que estaba, se fue a vivir con su madrina Manuela Monahay, acomodada y de cierta sensibilidad literaria. En su biblioteca el poeta empezó a aficionarse a la lectura, y tras ciertos escarceos literarios (escribe en El trono y la nobleza de Madrid y en las revistas sevillanas La Aurora y de El Porvenir) se marchó a Madrid en 1854 con el deseo de triunfar en la literatura. Sufrió una gran decepción y sobrevivió en la bohemia de esos años. Para ganar algún dinero el poeta escribió, en colaboración con sus amigos (Julio Nombela y Luís García Luna), comedias y zarzuelas como La novia y el pantalón (1856), bajo el seudónimo de Gustavo García, en la que satiriza el ambiente burgués y antiartístico que le rodeaba, o La venta encantada, basada en Don Quijote.

En 1857 encontró un empleo dentro de la Dirección de Bienes Nacionales, pero perdió el puesto, según cierta leyenda, por sorprenderle su jefe dibujando. Tras superar una crisis provocada por su pésima situación en la capital, Bécquer inicia un ambicioso proyecto: estudiar el arte cristiano español uniendo el pensamiento religioso, la arquitectura y la historia. Pero sólo saldrá el primer tomo de su Historia de los templos de España, con ilustraciones de su hermano Valeriano. Al año siguiente conoció a la que seria su musa, Julia Espín, una bella cantante de ópera que se convirtió en la fuente de inspiración de sus primeras rimas. Pero este amor no llegó a consolidarse porque Julia aspiraba a más y le disgustaba la vida bohemia del escritor.

¿Qué es poesía?, dices mientras clavas
En mi pupila tu pupila azul.
¡Qué es poesía! ¿Y tú me lo preguntas?
Poesía eres tú.

En 1860 publica Cartas literarias a una mujer, donde explica la esencia de su propia poesía. Este mismo año conoció a la que seria su esposa, Casta Esteban Navarro. Hija del médico que le trataba por aquel entonces de una enfermedad venérea. En 1862 nació su primer hijo y Bécquer consiguió un empleo en el periódico El Contemporáneo. Fue durante este periodo, en el que tuvo que trabajar muy duro, cuando nacieron varias de sus Leyendas.

En 1864 su amigo y mecenas González Bravo, le nombra censor de novelas, puesto bien retribuido que desempeñará, intermitentemente, hasta 1868. En ese periodo nació su segundo hijo, Jorge. 1868 fue un año nefasto para Bécquer: su esposa le es infiel, su libro de poemas desaparece y y el levantamiento revolucionario de septiembre le obliga a pasar una corta estancia en Toledo. En diciembre nace en Noviercas su tercer hijo, Emilio Eusebio, del que se dice que es, en relidad, hijo del amante de Casta.

En 1870 Bécquer vuelve a Madrid para dirigir La Ilustración de Madrid, que acababa de fundar Eduardo Gasset pensando en que lo dirigiera Gustavo Adolfo y trabajara en él Valeriano de dibujante. Sin embargo, el 22 de diciembre muere Gustavo. Unos meses antes, mientras trabajaban en gran cantidad de dibujos con texto, había muerto su hermano Valeriano, duro golpe para Bécquer.

En sus últimos minutos, mientras agonizaba, Bécquer pidió a sus amigos que quemasen sus cartas, ya que éstas representarían su deshonra, y que se encargaran de publicar su obra («Si es posible, publicad mis versos. Tengo el presentimiento de que muerto seré más y mejor conocido que vivo»). Sus amigos Ferrán y Correa prepararon rápidamente la edición de sus Obras completas, publicadas en 1871 en dos volúmenes, aumentadas en sucesivas ediciones. Los restos de los dos hermanos descansan en Sevilla, adonde fueron trasladados en 1913.

Podrá nublarse el sol eternamente;
Podrá secarse en un instante el mar;
Podrá romperse el eje de la tierra
Como un débil cristal.
¡todo sucederá! Podrá la muerte
Cubrirme con su fúnebre crespón;
Pero jamás en mí podrá apagarse
La llama de tu amor